手术学教研室隶属于基础医学院，第二临床医学院承担相应课程。

五十年代，外科手术学属外科学总论的一部分，其教学由外科学教研室承担，实验课以参观手术为主，不单独开设实验。七十年代手术学从外科学分出，成立了由解剖学和外科学两类专业人员组成的外科手术学教研室，并以局部解剖学实验室为主建立了局解、手术学实验室，其实验以局部解剖为主，辅以手术参观，开设的实验项目为：腹股沟疝的解剖与手术方法、阑尾的解剖与手术方法、颈部解剖与气管切开术等。八十年代，局部解剖学分出由解剖学教研室承担，组建由附属一、二院外科医生组成的外科手术学教研室，并在新建药学教学大楼设置了具有一定规模的手术学实验室，规定了开设的实验项目，并配以专职技术人员。多年的教学，手术学课程深受学生的的喜爱，同时也得到了学校的重视。九十年代，为强化基础与临床知识的结合，加强学生动手能力的培养，学校在外科手术学教师队伍中增加了解剖学教师，并设教学改革项目“局解、手术学协作教学探索”，学校立项，手术学教研室牵头，解剖学教研室、教务处协作完成。经几年的探索，建立了较为完善的外科手术学教学体系，编写了教材，教学大纲、实验大纲、“三基”培养大纲，此成果荣获甘肃省政府教学成果二等奖。

外科手术学作为一门基础医学到临床医学的“桥梁”课程，受到历届领导的重视，将其视为学生动手能力培养的重要课程之一。其教研室经过几代人的努力工作、默默耕耘，最早附属于基础医学院解剖学教研室、之后又附属于外科学的附属学科，发展成为现在独立学科，健全了完善的教学内容和实验体系，并组建了由学院专职教师、第一、二临床医学院外科医生组成的专兼职人员相结合的外科手术学教学队伍。外科手术学是临床医学、口腔医学、检验医学、影像医学的桥梁学科，所培养学生主要面向全国医疗机构的临床技能科室、科研机构等部门。外科手术学研究所现拥有标准型手术实验室10间，手术准备间1间，多功能媒体教室1间。