一、消毒采用2%碱性戊二醛浸泡消毒或者灭菌，应当将清洗擦干后 的内镜置于消毒槽并全部浸没消毒液中，各孔道用注射器灌满消毒液。非全浸式内镜的操作部，必须用清水擦拭后再用75%乙醇擦拭消毒。
二、需要消毒的内镜采用2%碱性戊二醛灭菌时，浸泡时间为：
（一）胃镜、肠镜、十二指肠镜浸泡不少于10分钟；
（二）支气管镜浸泡不少于20分钟；
（三）结核杆菌、其他分枝杆菌等特殊感染患者使用后的内镜浸泡不少于45分钟。
三、需要灭菌的内镜采用2%碱性戊二醛灭菌时，必须浸泡10小时。
四、当日不再继续使用的胃镜、肠镜、十二指肠镜、支气管镜等需要消毒的内镜采用2%碱性戊二醛消毒时，应当延长消毒时间至30分钟。
五、软式内镜消毒后，应当按照以下方法、步骤进行冲洗和干燥：
（一）内镜从消毒槽取出前，清洗消毒人员应当更换手套，用注射器向各管腔注入空气，以去除消毒液。
（二）将内镜置入冲洗槽，流动水下用纱布清洗内镜的外表面，反复抽吸清水冲洗各孔道。
（三）用纱布擦干内镜外表面，将各孔道的水分抽吸干净。取下清洗时的各种专用管道和按钮，换上诊疗用的各种附件，方可用于下一病人的诊疗。
（四）支气管镜经上述操作后，还需用75%的乙醇或者洁净压缩空气等方法进行干燥。
六、采用化学消毒剂浸泡灭菌的内镜，使用前必须用无菌水彻底冲洗，去除残留消毒剂。