流水初洗—酶洗—清洗—浸泡消毒— 喷洒末洗
一、水洗
1、将内镜放入清洗槽内：在流动水下彻底冲洗，用纱布反复擦洗镜身，同时将操作部清洗干净；彻底清洗内镜各部件，管腔应当用高压水枪彻底冲洗，可拆卸部分必须拆开清洗，并用超声清洗器清洗5～10分钟。
2、器械的轴节部、弯曲部、管腔内用软毛刷彻底刷洗，刷洗时注意避免划伤镜面。刷洗时必须两头见刷头，并洗净刷头上的污物；
3、安装全管道灌流器、管道插塞、防水帽和吸引器，用吸引器反复抽吸活检孔道；
4、全管道灌流器接50毫升注射器或高压水枪，吸清水注入送气送水管道；
5、清洗完毕后用将取下的吸引器按钮、送水送气按钮和活检入口阀用清水冲洗干净并擦干。吸引器吸干活检孔道的水分并擦干镜身。
6、内镜附件如活检钳、细胞刷、切开刀、导丝、碎石器、网篮、造影导管、异物钳等使用后，先放入清水中，用小刷刷洗钳瓣内面和关节处，清洗后并擦干。
7、清洗纱布应当采用一次性使用的方式，清洗刷应当一用一消毒。
二、酶洗
1、多酶洗液的配置应按产品比例。浸泡消毒时间应不少于10分钟，结核感菌、其他分枝杆菌等特殊感染患者使用后的内镜浸泡不少于 45 分钟。
2、将擦干后的内镜置于酶洗槽中，用注射器抽吸多酶洗液100毫升，冲洗送气送水管道，用吸引器将含酶洗液吸入活检孔道，操作部用多酶洗液擦拭。
3、擦干后的附件、各类按钮和阀门用多酶洗液浸泡，附件还需在超声清洗器内清洗5～10分钟。
4、多酶洗液应当每清洗1套内镜后更换。
三、清洗
1、多酶洗液浸泡后的内镜，用水枪或者注射器彻底冲洗各管道，以去除管道内的多酶洗液及松脱的污物，同时冲洗内镜的外表面。
2、彻底清洗内镜各部件，管腔应当用高压水枪彻底冲洗，可拆卸部分必须拆开清洗，向各管道冲气，排出管道内的水分，以免稀释消毒剂。器械的轴节部、弯曲部、管腔内用软毛刷彻底刷洗，刷洗时注意避免划伤镜面。并用超声清洗器清洗5～10分钟。
四、浸泡消毒，再用2%碱性戊二醛浸泡10分钟。
五、最后清水冲洗，气枪干燥。